Porque a junção entre igreja e Estado foi abandonada?

resposta:  No Brasil, a queda do Império em 1889, deu lugar a um regime republicano e uma nova Constituição foi promulgada em 1891, rompendo os laços entre a Igreja e o Estado.

Explicação:   Com a ascensão do Império do Brasil, embora o catolicismo mantivesse seu status de credo oficial subsidiado pelo Estado, foi permitido florescer as outras religiões, visto que a Constituição 1824 garantia o princípio de liberdade religiosa mas com algumas restrições.