Como explicar que na moral convivem polos opostos como o dever...

Depende do que você entende por liberdade. Muitas pessoas confundem liberdade com arbítrio (possibilidade de escolha) e por isso acham que não pode haver conciliação entre o dever moral e a liberdade. A liberdade é a condição de possibilidade de qualquer posicionamento moral, ela é a condição de possibilidade até do arbítrio, pois é porque sou livre que tenho a capacidade de fazer escolhas.  

Em certas teorias éticas o dever está intimamente ligado com a liberdade no sentido de contribuir para a sua efetivação. Como por exemplo quando Kant diz que se "deve" tratar o ser humano sempre como fim em si e nunca como meio para outras finalidades. Portanto, a prática do dever pode assegurar que sejamos livres.